バトルの基本ルールは、ラウンド制で相手の体力ゲージを0にすれ1ポイント獲得。2ポイント先取で勝利という、いわゆる対戦格闘ジャンルと同じものだ。
大きな特徴として、バトルには「フィールドフェイズ」と「デュエルフェイズ」という、2つのフェイズが展開されるというものがある。簡単に言うと、遠距離戦の「フィールドフェイズ」、近距離戦の「デュエルフェイズ」だ。
遠距離の「フィールドフェイズ」は、まさに本家ポケモンシリーズのバトル画面さながらに相手ポケモンと向かい合っている様子を斜めに映している。自分のゲージが左下、相手のゲージは右上に表示するなどシリーズの画面を思わせるレイアウトだ。
フィールドフェイズでは、Yボタンで「遠距離攻撃」、Xボタンで相手を追いかけつつ近接攻撃のコンボを浴びせる「ホーミング格闘」となる。相手の遠距離攻撃をジャンプやステップで避けつつ反撃を喰らわせるなど、距離を取った状態での読みあいが展開される。
フィールドフェイズで上+Yボタンやつかみ攻撃など、特定の攻撃がヒットすると近距離の「デュエルフェイズ」へと入っていく。